Soft rot is one of the most important diseases of orchids caused by Pectobacterium carotovorum. The conventional methods for the detection of pathogen is tedious and time consuming. In recent years, numerous molecular diagnostic approaches for the detection of P. carotovorum have been developed, including various PCR-based assays. Optimization of PCR technique to DNA amplification is essential for time and material efficiency, which will make detection to be rapid and more appropriate. The purposes of this study were to decide concentration of DNA and primer, and also the concentration of bacterial pure cultures and primer to amplify 16S rRNA gene fragment. Optimization of PCR was done by using various concentration of DNA, pure cultures of bacteria, and primer to amplify the 16S rRNA gene sequence. The results showed that the most optimum concentration to amplify 16S rRNA gene sequence at DNA and primer concentration were 63,4 ng/µl and 10 pmol, while pure cultures and primer concentrations were at 8×109 CF U/ml and 10 pmol respectively. Penyakit busuk lunak yang disebabkan oleh Pectobacterium carotovorum merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman anggrek. Deteksi patogen secara cepat dan akurat dapat dilakukan secara molekular menggunakan teknik Polymerase chain reaction (PCR). Optimasi metode PCR perlu dilakukan untuk mengefisienkan waktu dan penggunaan bahan sehingga proses deteksi dapat dilakukan dengan cepat dan tepat. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan konsentrasi DNA dengan primer maupun konsentrasi kultur murni bakteri dengan primer yang paling tepat untuk mendapatkan fragmen gen 16S rRNA. Optimasi PCR dilakukan menggunakan beberapa variasi pengenceran pada DNA, kultur murni bakteri, dan primer untuk mengamplifikasi gen 16S rRNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa konsentrasi yang paling optimal untuk mengamplifikasi gen 16S rRNA yaitu DNA dan primer masing-masing sebesar 63,4 ng/µl dan 10 pmol, sedangkan konsentrasi kultur murni dan primer sebesar 8×109 CFU/ml dan 10 pmol.
展开▼
机译：软腐病是由胡萝卜食肉杆菌引起的兰花最重要的疾病之一。用于检测病原体的常规方法是繁琐且耗时的。近年来，已经开发了许多用于检测胡萝卜假单胞菌的分子诊断方法，包括各种基于PCR的检测方法。 PCR技术对DNA扩增的优化对于时间和材料效率至关重要，这将使检测更加快速且更加合适。这项研究的目的是确定DNA和引物的浓度，以及细菌纯培养物和引物的浓度，以扩增16S rRNA基因片段。通过使用各种浓度的DNA，纯细菌培养物和用于扩增16S rRNA基因序列的引物来完成PCR的优化。结果显示，在DNA和引物浓度下扩增16S rRNA基因序列的最佳最佳浓度分别为63.4 ng / µl和10 pmol，而纯培养物和引物浓度分别为8×109 CF U / ml和10 pmol。 Penyakit busuk lunak yang disebabkan oleh Pectobacter carotovorum merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman anggrek。 Deteksi patogen secara cepat dan akurat dapat dilakukan secara molekular menggunakan teknik聚合酶链反应（PCR）。 Optimase方法PCR纯化蛋白质聚合酶的散文进行纯化。 Penelitian ini bertujuan untuk menentukan konsentrasi DNA dengan引物maupun konsentrasi kultur murni bakteri dengan引物yang paling tepat untuk mendapatkan fragmen gen 16S rRNA。 Optimasi PCR dilakukan menggunakan beberapa variasi pengenceran pada DNA，kultur murni bakteri，dan untunt mengamplifikasi gen 16S rRNA。 Hasil penelitian menunjukkan bahwa konsentrasi yang paling最佳untuk mengamplifikasi gen 16S rRNA yaitu DNA dan引物masse-masing sebesar 63,4 ng / µl dan 10 pmol，sedangkan konsentrasi kultur murni dan dan pmol sebesar 8×109 CFU。
展开▼
